索達吉版《妙法蓮華經·序》中，列出本次校勘所用底本、參校本，然細讀後，僅在漢文部分即存在相當的問題，藏文部分亦未列出所依版本，如德格版、拉薩版、北京版等。
今僅就漢文部分之校勘底本、參校本所存問題分述如次。
一、底本
文獻校勘，以善本（精校本）為底本，實乃共識。
索達吉版棄善本《麗藏》本，而選《清藏》本為其校理底本，令人不解。
現世界佛學界使用最為廣泛的《大正藏》，即選用《麗藏》（再雕版）作為底本，并以宋、元、明、清諸本參校。
《麗藏》（初雕本）為第一部漢文刻本大藏經《開寶藏》（971-983）的復刻本，《麗藏》（再雕版1236-1251）則是以初雕本與蜀本、丹本（1032-1054）對勘後再予刊刻，故而《麗藏》（再雕版）的校勘價值不言而喻。
二、參校本
索達吉版選用參校本達十二種以上，抄本一種，餘為刻本及鉛印本。
抄本選用不當。
一者未具名館藏地，其為東京國立博物館N-7藏品，屬於日本“國寶”；
二者非為善本，李元惠抄本僅是民間抄經生抄於長壽三年（694）普通本，但在敦煌寫經中卻存有三十五號唐宮廷寫本，題記中皆註明校對者（初校、二校、三校）人名，是為善本焉。
唐宮廷寫本雖無一足本，但諸本時間皆早於李元惠抄本，如咸亨二至四年（671-674）卷二至六，十一號；上元元至三年（674-678）卷一至七二，十一號；儀鳳二年（677）卷二、五，三號，[1]且利用三十五號存世情況而論，足以相配後用於校勘。
刻本未見言見。
日本宮內省圖書寮宋本、《思溪藏》、《資福藏》、《普寧藏》四本，至今尚無影印本，皆為各圖書館、寺院庋藏珍本，不知所據何本？
《大正藏》本校勘中使用此四種日本藏本，若未親見四本，徑言參《大正藏》本即可，何勞言此四本。
又，日本宮內省圖書寮宋本為《崇寧藏》和《毘盧藏》的混合本，且部分佛典非二藏刻本。
何梅先生考察宮內省圖書寮宋本一切經後，認為《行事鈔》、《行事鈔科》、《資持記》、《隨機羯磨疏》、《隨機羯磨疏科分》、《濟緣記》、《含註戒本》、《含注戒本疏》、《含註戒本疏科分》、《行宗記》十種非為《毗盧藏》版，乃宋刻單行本，故不可輕言據日本宮內省圖書寮宋本。
《嘉興藏》列名有誤。
《嘉興藏》，亦稱《方冊藏》、《徑山藏》、《萬曆藏》。索達吉版所列參校本，卻將《方冊藏》、《徑山藏》分列作二本。
《中華藏》不等同《金藏》。
《中華藏》之羅什譯《妙法蓮華經》，乃《麗藏》、《金藏》二本相配而成。
另，《中華藏》本，卷一經文前據清藏本補《御製大乘妙法蓮華經序》、《妙法蓮華經弘傳序》，卷七末據《嘉興藏》本補僧叡《妙法蓮華經後序》。若籠統的講《中華藏》、《金藏》，易於誤導。
流行本不宜作參校本。
“[流]流通本 如廣化寺本、上海佛學書局本”。可徑直列出二書之底本，以顯示具有一定的對勘價值，若非古本、現代精校本，實無列入參校本之必要。
《中華藏》羅什譯《妙法蓮華經》配本情況表
卷 底本
卷一 麗藏
卷二 金藏
卷三 金藏
卷四 金藏
卷五 一紙為麗藏，餘為金藏[2]
卷六 金藏
卷七 金藏
[1] 方廣錩《敦煌遺書中的<妙法蓮華經>及有關文獻》，《中華佛學學報》第10期（1997），頁219-220。
[2] 《中華藏》，頁564下至570，字形與前卷差異明顯，前者方正舒朗，後者秀氣。
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